进入二氧化碳培养箱培养环境时，对细胞存活有害的成分和导致细胞不纯的外来物质应视为污染。不同的污染物对细胞的影响是不同的，有些是长期的、缓慢的、潜在的，有些则可以在短时间内抑制细胞生长或杀死细胞。根据污染源的不同，可分为生物污染、化学污染、物理污染和气溶胶污染。
保持二氧化碳培养箱正常运作，避免细胞污染，需要定期清洁培养箱，这项工作很辛苦，但非常必要和有效。仔细按照以下步骤清洁二氧化碳培养箱，有利于减少污染，保持细胞生长良好。
1. 取出培养箱中的培养物。如果清洗时间不长，可以将其保存在干净，无菌的容器中，保持其温度。关闭培养箱，包括关闭供气阀。
2. 取出所有隔板，隔板支架，以及所有附件、空气管道。清空水盘并用干净的无绒布擦干。
3. 用温和的肥皂水清洁所有的内表面，管道，隔板，隔板支架，内门，风扇和门封条。使用温和的洗洁精擦拭，去除所有隐藏的角落和缝隙中污垢、灰尘。圆角设计的培养箱更利于清洁工作。
4. 用蒸馏水冲洗箱体内壁和部件，并用干净的无绒布再一次擦干。
5. 用稀释的季铵盐消毒剂擦拭内壁和部件。用70%酒精擦拭以除去任何剩余的消毒剂痕迹。再次强调，一定要擦到所有的角落，并记得安好门封条，更换内部零件。
6. 加热培养箱，让培养箱干燥。这应该只需要花一点时间，所以不要让门开着——那只会重新引入新的灰尘和污物!
7. 如果选配的培养箱具备自动消毒功能，请立即运行。在周期完成之后，用无菌蒸馏水填充储水器，并打开气阀。
8. 记得清洗培养箱外壁，以消除可能进入的污垢和微生物。如果培养箱的顶部非常脏，当打开培养箱门灰尘很可能进入，所以清洁顶部是很重要的。用无绒布蘸温和的肥皂水。然后用干净的布蘸清水擦拭干净。用干净的干布擦干外面。特别要注意每个人都接触的门把手。不要使用任何液体或喷雾清洁剂清洁触摸屏显示器。而需要使用干的超细纤维布来清洁这些。
